Muzeum prowadzi intensywną działalność edukacyjną (lekcje muzealne, konkursy, seanse filmowe, spektakle teatralne, odczyty i sesje popularnonaukowe), artystyczno-kulturalną (koncerty, programy słowno-muzyczne), popularyzatorską (spotkania autorskie, promocje książek) i wydawniczą. Od 1 stycznia 1999 r. jest jednostką organizacyjną samorządu województwa mazowieckiego.

W podziękowaniu za 35-letnie, wspólne odkrywanie historii Polski zorganizowane zostało wyjątkowe wydarzenie – uroczysty koncert inaugurujący obchody 35-lecia muzeum. Wśród występujących m.im.: Bocheński Chór Kameralny „Salt Singers” z Miejskiego Domu Kultury w Bochni, Chór Zespołu Państwowych Szkół Muzycznych w Bochni „Juvenes Cantores Bochnienses”, Orkiestra Smyczkowa Zespołu Państwowych Szkół Muzycznych w Bochni „Con Passione” oraz soliści – uczniowie Zespołu Państwowych Szkół Muzycznych w Bochni. Dyrygenci: Maciej Kozłowski oraz Tomasz Półtorak.

Marszałek Adam Struzik objął patronat honorowy nad wydarzeniem.